Na segunda gestão de Cid Gomes à frente do Governo do Estado, Eduardo Diogo foi convidado pelo Governador para um novo desafio: a Secretaria do Planejamento e Gestão. Em janeiro de 2011, assumiu a SEPLAG, iniciando uma nova etapa na sua vida. Durante quatro anos, comandou inúmeros programas e projetos relevantes e inovadores.